从2012年起，相继有浙江大学环境研究院院长、全国政协委员陈英旭，北京邮电大学软件学院宋茂强，浙江大学原副校长褚健，山东大学教授、长江学者陈哲宇以及清华大学教授付林等因科研经费问题被指控涉嫌贪污。这其中，付林以无罪的身份回到清华大学继续教书，其他几位教授被判刑。
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">学生们为李宁保留着合照位置</em>
辩护律师袁诚惠几乎每个月都要去吉林。这五年多以来，除办案人员外，只有律师能会见到在押院士李宁。
2014年6月20日，中国工程院院士、农业大学博士生导师李宁被吉林省松原市检察机关带走。当年10月10日发布的通报称，李宁被批捕。2015年8月20日、21日，李宁案至今唯一一次开庭，检察机关以贪污罪指控李宁，李宁坚称自己无罪。迄今为止，他已被羁押五年多时间，案件依然没有定论，此案经最高法批准，审限已经延期十六次。
在这五年当中，李宁课题组已经送走了五届毕业生，他亲自带的最后一个学生也在2018年毕业。课题组每年拍毕业照时，正中间总有一把空椅子，那是学生们为李宁保留的。他们一年年地期待，下一年，老师将会回到他们中间。
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">农大教学楼墙上还挂李宁的介绍</em>
看守所外的探视博士
2019年10月14日，袁诚惠再次去吉林省看守所会见李宁。“李宁一如既往地坚定，不认可有罪指控。”袁诚惠说，虽然已被羁押五年，但李宁很少丧气低落，“这样顶尖的科学家，意志力非一般人能比。”
作为国内动物遗传育种研究领域的领军人物，李宁成功培育了世界上最大的克隆牛群体。2007年，他成为当时最年轻的中国工程院院士。院士是我国给科学家的最高学术荣誉称号。2012年，国家审计署对中国农业大学的科研经费进行审计时，认为李宁课题组870多万的科研经费存在用款不规范问题。
同年5月，课题组返还中国农大703万元；2013年5月，北京市检察院第一分院介入调查，调查后未予刑事立案，认为尚不构成犯罪；但一年之后，处罚的“靴子”还是落了下来。
2019年5月之前，李宁被关押在吉林省松原市长岭县看守所――距北京1058公里。去长岭的路并不好走，不通火车，要先到长春，再从长春坐3个小时客车，下车以后还要步行20分钟。
妻子吴晓青每个月去两次，送去书本和诗集。她见不到李宁，但送完东西以后，在收据上签个名，“李宁看到，就知道我来过。”
他的学生也曾结伴前往长岭，梁文去过两次，每次都是晚上十点多坐火车，第二天一早六七点到。“离老师近点，在心理上是一种安慰。”毕业那一年，她想把毕业论文拿给老师看，但文中有英语，看守所不具备审查能力，不能送进去，同去的几个人便蹲在看守所门口，一页页地撕掉论文中有英语单词的部分。
陈虹忆起去长岭的过程，眼圈泛红。有时和别人说起自己是李宁的学生，心里也难受。见不到李宁，她就绕着墙走，边走边哭，“他快六十岁了。”
2018年7月7日是覃林的生日，他坐高铁去了长春。那天一直下雨，他们到长岭看守所已是晚上九点。7月9日正好是李宁56岁生日，覃林提前订了蛋糕。“有时候想，没见到也好，见到了会更难受。看到蛋糕老师会知道我们来看过他，我们没有忘记他。”
在老师被羁押的几年间，学生们各自有了新的生活，有人通过了优秀青年科学基金答辩，继续从事科学研究；有人南下广州、南京，在高校做老师；有人结婚生子，从一个学生成长为丈夫、妻子。这一切只能通过律师转告，还有一些科研问题，也只能通过律师转述，“这几年来我一直关注炎症修复（inflammationresolution）相关研究。发现几个关键的靶点......希望李老师指正。”
2018年2月12日，李宁曾辗转带出来一次口信：“前几天据说有三个同学来看我，但干警说不清楚他们的名字，心里很痛楚，我最不想发生的是同学和朋友来了，可我却不知道是谁。春节就要来临了，大家都很忙，不必为我来长岭。来一趟，既耗时又费钱，最主要的是根本不可能见面。每逢佳节倍思亲，我最思念的还是四位老人，孔子说，一则喜，一则忧，我是大不孝了。我在此一天，家人、亲人就难解脱一天，为人夫、为人父、为人友、为人师，我也是不堪，可我无奈！”
吴晓青告诉记者，曾和李宁一起被关押在长岭县看守所的王克，在被释放后，曾来北京探望过她。王克告诉她，李宁向他详细讲述了自己科研团队的每一个学生，包括他们的姓名、性格特点、研究方向、成就，还列出一张单子，统计出他带过的学生总共151名。
但2013级的几个孩子，李宁只记得样子，记不清叫什么。“因为还没来得及教他们。”王克告诉吴晓青。
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">李宁参加完2014年毕业照之后，即被带走</em>
最后一张毕业照
学生们与李宁最后一次见面大多是在2014年6月20日――李宁课题组2014届毕业生拍毕业照的日子，9名毕业生、12位老师和80余名在读学生一起拍了毕业照。
覃林记得，那天李宁穿了一双棕色皮鞋，鞋很新，泛着光。“他喜欢穿运动鞋。有一次拍毕业照，他穿的都是篮球鞋，我很少看到他穿那么亮的皮鞋。”
大部分人都开心地合影，他们完全没关注到老师被带走。“拍照时我只是看到旁边站了人，但没多想，老师平时也很忙，经常说走就走。”梁文有些遗憾，“大家都把那天当成是平常的一天，没想到会那么不一样。”
合影结束之后，李宁就匆匆离开，之后，学生们就再也没能联系上他。
吴晓青回忆，当天上午10点左右，她接到李宁的电话，“他说长岭检察院让去一趟，签个字这事儿就了了。”吴晓青当时还打趣，“我说不会把你带走了吧，他说那不会。”电话里李宁的状态轻松，吴晓青嘱咐了一句，记着给她短信。
那天下午开始，吴晓青发给李宁的短信、电话均没收到回复，后来就提示对方已关机。一夜无眠等待。6月21日早晨8点，她的手机显示李宁来电“我们是吉林省松原市长岭县检察院，李宁因涉嫌贪污科研经费被逮捕”。
她没想到会是这样的结果。吴晓青告诉记者，早在2013年北京市检察院第一分院在调查时，工作人员找李宁谈话，“他们说他的问题是违规，不是犯罪。”吴晓青说。她以为，李宁此去长岭，把问题交代清楚，事情也就结束了。
彼时李宁曾陷入一段苦闷期，电脑里的日记里记录了他的心境，在被带走一个月前他写下：“面对误解、流言，不可能去一个一个说明真相，而且人人都有自己的见解，默默地去承受吧，时间会让人了解到事实，得出公正、公平的评判。”
越深入了解，吴晓青越觉得事情并不简单。从2012年起，相继有浙江大学环境研究院院长、全国政协委员陈英旭，北京邮电大学软件学院宋茂强，浙江大学原副校长褚健，山东大学教授、长江学者陈哲宇以及清华大学教授付林等因科研经费问题被指控涉嫌贪污。这其中，付林以无罪的身份回到清华大学继续教书，其他几位教授被判刑。
在辩护律师看来，这与当时不合理的科研经费管理制度有关，2014年之前的科研经费管理制度，要求每年年底未用完的经费以及结题后的结余经费应上交，但由于新一年的课题经费经常出现较长时间的滞后，甚至到二三季度才会下发，迫使很多科研人员用假发票等形式将经费留用，以解决来年经费断档期的经费使用问题，否则将导致课题无法继续进行，实验动物群体无法维持，这会给国家科研项目带来损失。
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">李宁给学生借钱的借条</em>
老师被带走，学生怎么办
学生们是拍完毕业照十几天后，在学院的会议上明确得知导师被带走调查的。那次会议主要议题是他们的去向，会上发放了重选导师的表格。会议室气氛凝重，很多女生哭了。
“主要是因为不知道老师到底怎样了。对于博士来说，中途换导师是一件很冲击的事情。”王静在这次会议上才得知李宁的事情，拍毕业照时，她在猪场做实验，和李宁发短信汇报了实验情况。李宁还短信叮嘱她，夏天闷热，要注意防暑，注意蚊虫。
老师被带走，学生们或多或少受到影响，科研计划和对未来的信心都在经受着考验。
余力的实验在2014年初完成设计，李宁被带走之后，失去了资金支持。他坦言，担心老师之外，也很担心自己。“科研最重要的是时间，你比别人早研究出来就是好的。”
余力花了一年去筹借实验经费，直到2018年发表了实验成果，“如果李老师在的话，我可能不会拖这么久。”覃林在确定了大动物实验之后，不得已换了新的课题。
李宁在学生心目中的分量重。对于他们而言，他不仅是专业导师，更是为他们打下了学术规范基础的领路人。刚读博时，他们都收到过一份李宁自己做的“看文献模版”，这是他们学习文献的起点。“关于看文献，李老师问得特别仔细，问我们怎么看，从哪些途径看，精读花多少时间。”2012级的王静说。
王静记得，有一次她做一个简单的实验，很快就得到了结果，便去和李宁汇报。李宁问她：“你怎么知道这是阳性?你光做一个实验，没有对照，实验结果就不完整，不可信。”从那之后，王静就记住了，即使是简单、做过无数遍的实验，也得严谨，做了很多遍不代表就不会出问题。
在李宁被带走前几天，陈虹与他有过短暂的碰面。她当时正准备博士后出站的手续。李宁对她的叮嘱是“不要给自己留污点”。
梁文记得，自己渐渐意识到科研的意义，也是源于与李宁的一次谈话。李宁问她想做什么课题，她说想做疾病模型，因为好发文章。李宁的一番话让她有了新的思考，李宁告诉她，对于发文章来说，确实是其他领域要更好一点。不过他觉得基础研究想利用可能要等一百年。但应用方向的研究，可以快速地投用到产业当中，对社会产生更及时的效益。
李宁还常给学生借钱，从几千到上万元不等。吴晓青手里至今还保留着六张借条，有一张借条，李宁用铅笔补充了一句话：“影响因子10分以上，免偿还。”
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">在实验室里的李宁（资料图片）</em>
唯一一次开庭
在被批捕一年之后，2015年8月20日，李宁案迎来了第一次也是至今唯一一次开庭。
据2015年松原市检察院起诉书显示，对李宁的指控涉及2008年―2012年期间，李宁及其助手张磊利用管理农业部、科技部多项课题经费的职务便利，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，将人民币3756.648855万元的结余经费占为己有。李宁被指控将科研经费转至其担任法人代表或控股的北京济普霖生物有限公司和北京济福霖生物技术有限公司的账目上。
李宁的辩护律师袁诚惠表示，这两家公司实际上是李宁做科研项目的科研协作平台，公司的所有经费都是用于科研和探索产业化的研究中，自公司成立以来，从未分过红，李宁也从未领取过任何报酬。李宁及其助手张磊都没有把国家科研经费占为己有，公诉人指控的涉案资金实际全部是用于了科研活动。
原中国工程院副院长沈国舫院士对北青报记者说，“以前科研经费管理确实有问题，太过于死板。”沈国舫介绍，之前规定要求，在申请阶段就要明确开会用多少钱、劳务费多少钱，且项目开始以后不能进行调整。即使总经费还有，具体项目的经费没了就只能没了。
“没有一个科研项目，在开始时就能明确知道每个部分要花多少钱。”沈国舫说。他自己在做研究时也经历过这样的不便，“但没办法，只能按规定走。”他认为就目前的政策来看，李宁的问题只能算是犯错误，绝不至于构成犯罪。
开庭那天，吴晓青坐在旁听席上。她怕看到李宁戴手铐的样子，“戴着手铐就好像说明他有罪。”李宁穿着一套深蓝色西装走进法庭，他们点头示意，简单打了招呼。李宁坐在吴晓青的正前方，“我看着他，觉得人还好。”她想着，开庭就是为了解决问题，问题解决就可以回家了。
吴晓青称，在庭审现场，她听到讯问笔录显示的提审次数及时间，与看守所的提讯记录不符。讯问笔录记载某日在提审李宁，而看守所记录显示李宁这天一直在监室没有外出。吴晓青称，李宁的辩护律师要求检察机关提供全部提审的讯问笔录及同步录音、录像，并要求办案人员出庭接受问询，但办案人员没有出庭。
开庭当日，吴晓青第一次听到了李宁讲述自己被“逼供”的经历。
“他在庭上说办案人员为了让他违心认罪，想尽办法对他进行威胁、侮辱和谩骂。他们说如果不认罪，让他‘生在南方，死在北方’。甚至拿我们和孩子威胁他。”听到这些，吴晓青落了泪，“李宁其实是个性格坚强的人，但在那样的封闭环境下，他不知道外面真实的情况，无法做出正确判断，为了家人的安全，只能相信了这样的威胁，他屈服了，他一定是承受了很大的压力。”
李宁在法庭上推翻了此前的认罪书，坚称自己无罪。庭审持续了两天，直到2015年8月21日晚结束，法庭并没有当庭宣判。吴晓青接李宁回家的期待落空，开始了漫长的等待。
<em class="desc"style="color:rgb(155, 158, 163); display:block; font-size:14px; line-height:20px; margin:0px; padding:0px; text-align:center">李宁办公室的门牌至今保留着</em>
“有罪就判，无罪就放人”
“休庭后的四年里，不论法院还是检察院，都没有继续调查取证。贪污罪是要抄家的，但实际上我们家没有被抄过。”吴晓青说。五年间，李宁被关在看守所里，无人问询。“案件被无期限地搁置在司法程序内，我们没有任何司法救济途径，无法信访，无法申诉。”
在很长一段时间，无论是在农大的校园里，还是在李宁江西老家，这件事成了大家的谈资，“有些人想的很简单，他们说你没贪污为什么抓你，你肯定是贪污了。”吴晓青说。
2017年，吴晓青提前申请了退休。李宁的父母从2017年开始相继生病，四位老人都八十多岁了，吴晓青两边都要照顾，她怕李宁出来有遗憾；父母生病的事情她并没有告诉李宁，怕影响李宁的坚持，“李宁在乎清白，我会支持他，他要坚持就让他踏踏实实地坚持。”
表面上看，吴晓青的生活维持着正常运转，但总有些细小的东西提示着她，生活已经不一样了。偶尔她也心里堵得慌，“李宁是20号被带走的，所以每个月感到特难受的时候，不用说肯定到20号了。”
在李宁被捕的五年间，有很多文件相继出台，吴晓青和李宁的学生们一度有过希望，却又困于现实的桎梏，一次次被从希望的山头打落。
2014年全国人大常委会委员、曾任中央第十巡视组组长的令狐安先后巡视了科技部、中国科学院，在接受媒体采访时说：不追究“逼良为娼”的科研经费报销问题。令狐安认为，这些问题从根源上讲是由规定制度引起的，“现在再去处理这些科学家，没有道理”。
在李宁被逮捕的第三年，2016年7月，中共中央办公厅、国务院办公厅和最高人民检察院相继印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》（以下坚称《若干意见》）和《关于充分发挥检察职能依法保障和促进科技创新的意见》（以下简称《意见》）两份文件。《若干意见》提到了要“简化预算编制，下放预算调剂权限；提高间接费用比重，加大绩效激励力度”等意见。
其中，最高检的《意见》最让吴晓青和李宁的学生们激动。《意见》规定：对于法律和司法解释规定不明确、法律政策界限不明、罪与非罪界限不清的，不作为犯罪处理；没有徇私舞弊、中饱私囊，或者没有造成严重后果的，不作为犯罪处理；在科研项目实施中突破现有制度，但有利于实现创新预期成果的，应当予以宽容。
文件出台那天，吴晓青的手机消息提示一直持续到后半夜，李宁的学生纷纷把文件转给她。“他们也知道我肯定看到了，大家就是过瘾。”吴晓青说。当时他们觉得，李宁马上要出来了，“我后来明白，出台文件和实际操作并不是一回事。”吴晓青又一次失望了。
2018年的两院院士大会提出，“要着力改革和创新科技经费使用和管理方式，让经费为人的创造性活动服务，而不能让人的创造性活动为经费服务”。同年7月4日，国务院常务会议也确定进一步扩大科研人员自主权的实施，更大释放创新活力。提出“充分相信科研人员，尊重人才，赋予他们更大经费使用自主权。”
在这之后，沈国舫也为李宁两次投书媒体。“如果有罪就判，没有罪就放人，五年拖的太久。李宁五十多岁，正是创造力最强的时候，却被关在看守所里，这对科研是很大的损失。”
在李宁被带走之前，他们实验室是最先开始做“基因编辑技术在大动物上的应用”的团队之一，这一技术可以应用于具有经济价值的新品种培育，以及具有医疗价值的疾病模型。到如今，这项技术不仅成熟了，在异种器官移植方面已经实现很大进步。
他被带走之后，他的学生们尽力推动着各自实验进行，他们不想老师出来以后看到实验是未完成状态，“那我怎么跟老师交待。”梁文说。她曾跟师兄们说，自己不想搞科研，想做金融，但到最后真正要做抉择时，还是选择了科研。五年之后，他们仍学习着他2013年做的一套关于动物研究实验的指南标准，即使有了新的老师，但毕业论文的指导老师依然写着李宁。
2018年9月，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士联名致信最高人民法院，希望尽早审结李宁院士案。
这让吴晓青备受感动，“这些院士大部分和李宁并不熟悉，如果案子最后定为贪污案，签字对于他们来说是有一定风险的。”她决定一一登门拜访，老院士们分散各地，吴晓青花了三个月的时间，赶赴内蒙，湖南，湖北，重庆，四川，新疆拜见。2018年12月20日，在新疆的刘守仁院士在联名信上签下了第15个名字，签字的时候他还躺在病床上。
他们期待着案件能够有所推进，有朝一日李宁能回到毕业生的那张合影正中间位置。在农大生物技术国家重点实验室的介绍栏中，李宁个人的照片还放在最前面。他的办公室门窗紧闭，门口的指示牌一直保留着――李宁，院士，办公室；李宁，教授，实验室。
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